.. |br| raw:: html

  <br/>

**Gelion** - программа обработки данных проксимального зондирования и фенотипирования растений *(бета версия)*
=====================================================================================================================

.. toctree::
   :maxdepth: 2
   :caption: Contents:

..  figure:: images/main-title.png

Сведения о программе
========================================================
Программа **Gelion** предназначена для загрузки изображений в различных графических форматах, таких как **ENVI \*.hdr,
\*.jpg, \*.png, \*.tif**, отображения загруженного изображения в главном окне программы, масштабирования и вращения
загруженного изображения, выделения на изображении различных областей интереса, таких как точка, прямоугольник,
эллипс, полилиния, полигон, отображения спектральных профилей областей интереса в отдельных окнах просмотра, расчета
различных предварительно заданных и заданных пользователем спектральных индексов, расчета гистограмм спектральных
индексов как по изображению в целом, так и для произвольного количества областей интереса, отображения тепловой карты
спектрального индекса в цветовой шкале более 10 видов, построения тепловой карты индекса в режиме отсечения по
заданному порогу снизу и сверху, построения маски изображения на основе индекса, отсеченного по пороговым значениям,
создание маски изображения из областей интереса и областей интереса из маски изображения,
сохранения полученных масочных изображений и выполнения логических операций с различными масочными
изображениями с сохранением полученного результата операции. Сохранение результатов обработки возможно в форматах **\*
.jpg, \*.png,  \*.pdf, EXCEL \*.csv**. Программа позволяет пользователю сохранять список ранее загруженных изображений,
список ранее расчитанных индексов, старт программы с места последней операции перед закрытием программы, сохранение и
загрузку областей интереса, спектральных масочных и индексных изображений, значений отсечения индекса по пороговому
значению. В программе широко используется система контекстных меню, контекстных всплывающих подсказок типа «Тултип",
а также часто используется режим модификации клавиатуры при нажатии клавиш **«Shift», «Ctrl», «Alt»**. Программа
написана в стиле дружественного пользователю интерфейса в девизом **«все под рукой»**. |br|

Системные требования и установка программы
========================================================
Для работы программы требуется **64 разрядная операционная система Windows 10** или более поздняя или 
**64 разрядная операционная система Ubuntu-20.04-LTS**.
Объем жесткого диска должен отвечать вашим потребностям, оперативная память не менее 8 ГБ. Также требуется наличие мыши с управляющим
колесом. |br|

Чтобы установить программу на вашем компьютере, выполните следующие действия: |br|

- **Windows**, выполните программу **Gelion-windows-x64-1.0-beta-ru.exe**. |br|
- **Ubuntu**, распакуйте архивный файл **Gelion-Ubuntu-20-04-LTS-x64-1.0-beta-ru.tar.gz** в любой каталог, наименование каталога должно быть латинскими буквами и без пробелов, измените права доступа.  |br|

<GelionFolder> $ chmod +x './Gelion 1.0b.sh' |br|
<GelionFolder> $ chmod +x /bin/January09 |br|
и выполните скрипт **<GelionFolder> $ './Gelion 1.0b.sh'**. |br|

Если вы ранее не работали с программой **Gelion** у вас есть возможность получить **пробные наборы данных** 
(можно отдельно загрузить с сайта `gelion.agro.msu.ru <https://gelion.agro.msu.ru/forum/>`_). |br|

Сокращения и горячие клавиши
===================================
**Сокращения:** |br|
**ЛКМ** - левая клавиша мыши; |br|
**ПКМ** - правая клавиша мыши; |br|
**КМ** - колесо мыши; |br|
**ОИ** - область интереса, см. `Меню «Области интереса»`_; |br|
**ГИП** - `Главное изображение программы`_; |br|
**МИ** - масочное изображение; |br|

**Горячие клавиши** |br|
**<Ctrl-O>** в области `Главное изображение программы`_ - открыть файл проекта; |br|
**<Ctrl-D>** в области `Главное изображение программы`_ - открыть последний проект; |br|
**<Ctrl-E>** в области `Главное изображение программы`_ - окно выбора открытых проектов; |br|
**<Ctrl-Del>** в области `Главное изображение программы`_ - закрыть все проекты. Перед удалением нужно подтвердить действие; |br|
**<Ctrl-Q>** в области `Главное изображение программы`_ - выход из программы; |br|

**<Ctrl-ЛКМ>** в области `Главное изображение программы`_ - добавить ОИ-[Точка]; |br|
**<Shift-Q>** в области `Главное изображение программы`_ - добавить ОИ-[Прямоугольник]; |br|
**<Shift-W>** в области `Главное изображение программы`_ - добавить ОИ-[Эллипс]; |br|
**<Shift-E>** в области `Главное изображение программы`_ - добавить ОИ-[Полилиния]; |br|
**<Shift-R>** в области `Главное изображение программы`_ - добавить ОИ-[Полигон]; |br|
**<Alt-ЛКМ>** в области `Главное изображение программы`_ - повтор ввода последней введенной ОИ. Тип вводимой ОИ
можно определить в `Строка сообщений`_ в поле «Повтор»; |br|

**<Alt-W>** показать\скрыть `Окно «Гистограмма»`_ ; |br|
**<Alt-D>** показать\скрыть `Окно «Калькулятор масочных изображений»`_ ; |br|
**<Alt-S>** показать\скрыть `Окно «Спектральный анализ»`_ ; |br|
**<Alt-E>** показать\скрыть `Окно «Эталоны спектральных профилей»`_ ; |br|
**<Alt-W>** показать\скрыть `Окно «Гистограмма»`_; |br|
**<Alt-I>** добавить индексное изображение в окне `Расчет индекса по формуле`_ ; |br|

**<Ctrl-K>** в области `Главное изображение программы`_ - показать\\скрыть `Окно «Области интереса»`_ ; |br|
**<Ctrl-L>** в области `Главное изображение программы`_ - показать\\скрыть `Окно «Изображения»`_ ; |br|
**<Ctrl-M>** в области `Главное изображение программы`_ - показать\\скрыть `Окно «Список каналов»`_ ; |br|
**<Ctrl-N>** в области `Главное изображение программы`_ - показать\\скрыть `Окно «Маски»`_ ; |br|
**<Ctrl-[>** в области `Главное изображение программы`_ - показать все профили; |br|
**<Ctrl-]>** в области `Главное изображение программы`_ - скрыть все профили; |br|
**<Alt-H>** в области `Главное изображение программы`_ - показать\\скрыть `Окно «Эталоны»`_ ; |br|
**<Alt-N>** в области `Главное изображение программы`_ - показать\\скрыть `Окно «Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)»`_ ; |br|

**<Shift-S>** - настройки программы `Меню «Настройки»`_ ; |br|
**<F1>** - справка программы; |br|
**<A>** в области `Главное изображение программы`_ - повернуть ГИП против часовой стрелки ; |br|
**<S>** в области `Главное изображение программы`_ - повернуть ГИП по часовой стрелке ; |br|

Поддерживаемые форматы данных
==================================================

*Импорт*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
В основном в качестве входных файлов использется формат **ENVI**, запись **BIL, BIP или BSQ** и типы данных
целочисленные **uint8, int16, uint16** или вещественные **single или double**. |br|
Также возможен импорт графических форматов **JPG, PNG, TIF (но не geoTIF)**, которые автоматически переводятся
в формат **ENVI**. |br|
Были протестированы данные, полученные прибором **Specim IQ**, тестовый набор данных этого прибора
можно загрузить на сайте программы. |br|
Для других приборов данные не были протестированы, но их загрузка возможна, если они соответствуют стандартному
формату **ENVI**, однако возможны проблемы с загрузкой нестандартных данных, разработчики программы предлагают
пользователям сообщить о проблемме с импортом данных по адресу **gelion-team@yandex.com** и планируют в короткий
срок внести изменения в программу для дополнения списка импортируемых данных (приборов). |br|

*Р­РєСЃРїРѕСЂС‚*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Для экспорта данных используются следующие форматы: |br|
-графические **PDF, PNG, JPG**; |br|
-текстовые **Excel \*.csv**; |br|

Общий вид программы
============================
Программа при запуске имеет следующий вид: в центре экрана расположено `Главное окно программы`_,
справа расположены служебные окна `Окно «Области интереса»`_, `Окно «Изображения»`_, `Окно «Список каналов»`_,
`Окно «Маски»`_, слева расположены служебные окна `Окно «Эталоны»`_ `Окно «Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)»`_.
Служебные окна предназначены для выбора различных изображений и выполнения различных процедур в рамках
текущего проекта. |br|

В одном сеансе программы возможна загрузка произвольного числа проектов и переключения между ними, а также
закрытие всех проектов. В зависимости от настроек, выбранных в `Меню «Настройки»`_, при закрытии проекта
его текущее состояние сохраняется и восстанавливается при следующей загрузке проекта. |br|

.. image:: images/qw-main.png
   :align: center

Служебные окна и панели инструментов могут быть размещены в любой части экрана по выбору пользователя,
служебные окна скрыты или показаны, а также могут быть встроены в `Главное окно программы`_ как показано ниже: |br|

.. image:: images/qw-main+.png
   :align: center

Главное окно программы
============================
**Главное окно программы** при запуске программы располагается в центральной части экрана, имеет главное меню
и панели инструментов с кнопками быстрого доступа. |br|
Панели инструментов дублируют функционал главного меню, а также имеется возможность перемещать панели в удобную
часть экрана, конфигурируя таким образом рабочее пространство на экране. Также в главное окно могут быть
встроены служебные окна `Окно «Области интереса»`_, `Окно «Изображения»`_, `Окно «Список каналов»`_,
`Окно «Маски»`_, `Окно «Эталоны»`_, `Окно «Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)»`_. |br|

.. image:: images/main-window.png
   :align: center

Главное изображение программы
========================================
**Главное изображение программы** (ГИП) расположено внутри главного окна программы и представляет собой прямоугольное
масштабируемое, цельноповоротное изображение с возможностью изменения его яркости.

.. image:: images/main-img.png
   :align: center

В области ГИП имеется контекстное меню с возможностью выбора вводимой области интереса, выбора списка последних
загруженных проектов и выхода из программы. |br|

.. image:: images/cm-main.png
   :align: center

*Масштабирование, перемещение и поворот*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Масштабирование главного изображения ( ГИ ) производится колесом мыши при нажатой клавише Ctrl. |br|
Поворот ГИ осуществляется колесом мыши при нажатой клавише Shift. |br|
Перемещение ГИ, в том случае если ГИ не помещается в размер окна отображения, осуществляется перемещением мыши при
нажатой левой клавише в области ГИ. В случае если левая клавиша мыши будет нажата на `Область интереса`_, перемещением
мыши при нажатой левой клавише будет перемещаться `Область интереса`_. |br|

*Область интереса*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

**Область интереса** - геометрическая замкнутая фигура в области `Главное изображение программы`_ , состоящая из
некоторого количества точек и имеющая уникальное значение среднего по области спектрального профиля, гистограммы
распределения яркостей точек, отклонения точек области интереса от среднего значения и т.п. |br|
Имется возможность задать (добавить) следующие виды ОИ: |br|

*- точка;* |br|
*- прямоугольник;* |br|
*- эллипс;* |br|
*- полилиния;* |br|
*- полигон;* |br|

С областями интереса могут быть проведены следующие действия - `Добавление областей интереса`_ ,
`Изменение областей интереса`_ , `Удаление областей интереса`_ . |br|

*Добавление областей интереса*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
В программе можно ввести пять видов областей интереса (ОИ): |br|
    *- точка* |br|
    *- прямоугольник* |br|
    *- эллипс* |br|
    *- полилиния* |br|
    *- полигон* |br|

ОИ **точка** вводится при нажатии <Ctrl-ЛКМ> в области главного изображения или выбора пункта «Добавить ОИ-[Точка]»
контекстного меню главного изображения. |br|
ОИ **прямоугольник** вводится при выборе пункта «Добавить ОИ-[прямоугольник] »контекстного меню главного изображения.
Далее путем перемещения указателя мыши выбивается размер главной оси ОИ. Выбор ширины ОИ производится с использоыванием
колеса мыши. Окончание ввода ОИ производится нажатием ЛКМ. |br|
ОИ **эллипс** вводится при выборе пункта «Добавить ОИ-[эллипс]» контекстного меню главного изображения.
Далее путем перемещения указателя мыши выбивается размер главной оси ОИ. Выбор ширины ОИ производится с использоыванием
колеса мыши. Окончание ввода ОИ производится нажатием ЛКМ. |br|
ОИ **полилиния** вводится при выборе пункта «Добавить ОИ-[полилиния] »контекстного меню главного изображения.
Далее путем нажатия ЛКМ производится добавление вершин ОИ полилиния. Окончание ввода ОИ производится путем добавления
последней вершины нажатием ПКМ. |br|
ОИ **полигон** вводится при выборе пункта «Добавить ОИ-[полигон]» контекстного меню главного изображения.
Далее путем нажатия ЛКМ производится добавление вершин ОИ полигон. Окончание ввода ОИ производится путем добавления
последней вершины нажатием ПКМ. |br|

Для многократного ввода ОИ **прямоугольник**, **эллипс**, **полилиния** или **полигон** имеется возможность повторного ввода ОИ
нажатием <Alt-ЛКМ> и дальнейшим выбором либо размеров либо расположения вершин в зависимости от типа ОИ. |br|

После добавления ОИ рядом появляется окно со спектральным профилем ОИ. Для каждого ОИ имеется одно окно связанное с ним.
Окно может быть изменено в размерах, перемещено по экрану, отображено или скрыто. |br|

Помимо использования контекстного меню главного изображения возможно использование `Меню «Области интереса»`_
или панели инструментов в левой части главного окна программы. |br|

.. image:: images/cm-rois.png
   :align: center

*Изменение областей интереса*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Область интереса (ОИ) имеет два состояния, которые можно определить по внешнему виду ОИ. |br|

ОИ находится в неактивном (невыделенном) состоянии
*********************************************************
Наименование ОИ имеет белый фон, признаки выделения ОИ отсутствуют. Для перевода ОИ в неактивное состояние
нажмите ЛКМ вне `Область интереса`_. |br|

.. image:: images/roi-unselected.png
   :align: center

ОИ находится в активном состоянии
*********************************************************
Наименование ОИ имеет синий фон, признаки выделения ОИ тоочка - синий фон, ОИ прямоугольник, эллипс, полилиния,
полигон - синий фон и красные квадратики по периметру, предназначенные для изменения координат вершин. |br|

При двойном щелчке на ОИ в появившемся диалоговом окне возможно изменять параметры ОИ, имеются контекстные
подсказки, а также возможно удалить ОИ. |br|

Перемещение ОИ производится нажатием ЛКМ в области ОИ и перемещение мыши не отпуская ЛКМ. Окончание перемещения
выполняется отпусканием ЛКМ. |br|

.. image:: images/roi-selected.png
   :align: center

*Удаление областей интереса*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Для удаления ОИ его необходимо перевести в активное состояние `ОИ находится в активном состоянии`_.
После этого ОИ можно удалить быстрой клавишей Del. При двойном щелчке на области ОИ или в окне `Окно «Области интереса»`_
в появившемся диалоговом окне отметить надпись «Удалить область интереса» и нажать кнопку «Ок». |br|

*Изменение яркости*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Изменение яркости главного изображения проводится при перемещении ползунка на панели инструментов в верхней части
`Главное окно программы`_. Ползунок имеет ярлычок «Яркость». |br|

*Строка сообщений*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

.. image:: images/statusStringRU.png
   :align: center

Строка сообщений находится в нижней части `Главное окно программы`_ . |br|
В строке сообщений имеется следующая информация о текущем проекте: |br|
    *- название съемочного прибора* - название прибора, описанное в разделе «ENVI description» файла \*.hdr проекта. Количество спектральных каналов указано в скобках. |br|
    *- статус многократного ввода ОИ*, описанный в `Добавление областей интереса`_ . |br|
    *- наименование текущего проекта* - краткое наименование текущего проекта. |br|
    *- степень увеличения ГИ в процентах*, см. `Масштабирование, перемещение и поворот`_ . |br|
    *- «-», ползунок и «+» - изменение масштаба ГИ*, см. `Масштабирование, перемещение и поворот`_ . |br|
    *- поворот ГИ в градусах* - информация о повороте ГИ. |br|
    *- название текущего содержания ГИ (спектральный канал, индекс, маска , и т.п.)* - название текущего изображения в ГИП. |br|
    *- строка напоминаний (опционно)* - сообщения о важных событиях в программе. |br|
    *- название текущей темы отображения (цветовая тема)*, см. `Меню «Настройки»`_ . |br|

Главное меню программы
============================

*Меню «Файл»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

.. image:: images/menu-file.png
   :align: center

**Меню «Файл»** содержит следубщие пункты: |br|
    *- Открыть файл ...* - открыть файла проекта. В качестве начального каталога поиска предлагается `Рабочий каталог`_ . |br|
    *- Открыть последний проект* - открыть последний закрытый проект. |br|
    *- Текущий каталог* - открыть проводник файлов с каталогом `Текущий каталог`_ . |br|
    *- Рабочий каталог* - открыть проводник файлов с каталогом `Рабочий каталог`_ . |br|
    *- Сохранить как ...* - сохранить ГИП в графическом формате. |br|
    *- debug ... очистить текущий каталог ...* - функция для  отладки программы в случае критической несовместимости версий файлов настройки.  |br|
    *- Список недавних проектов* - список проектов, с которыми пользователь работал в ранних сеансах программы. Список продублирован в панели инструментов в виде иконок проектов с всплывающей подсказкой в виде эскиза изображения проекта, см. `Список недавних проектов`_ . |br|
    *- Открытые проекты ...* - список открытых в текущем сеансе работы проектов в виде эскизов изображений. Переключение на другой проект - нажатие ЛКМ на эскизе проекта. |br|
    *- Закрыть все проекты...* - закрыть все открытые проекты, перед закрытием предлагается подтвердить действие, так как несохраненные результаты будут утеряны.  |br|
    *- Выход* - выход из программы. |br|

Список недавних проектов
**************************************

.. image:: images/tt-resent-proj.png
   :align: center

В качестве всплывающей подсказки для списка недавних проектов используется эскиз страницы. |br|

Открытые проекты
**************************************

.. image:: images/tt-opened-proj.png
   :align: center

В качестве списка выбора открытых в программе проектов используются эскизы страницы. При нажатии на эскиз
страницы происходит переключение на выбранный проект. Закрыть окно со списком выбора можно нажав мышью
в любой области вне этого окна. |br|

*Рабочий каталог*
**************************************

**Рабочий каталог** - задаваемый пользователем каталог, в который по умолчанию программа предлагает сохранять
различные графические и текстовые результаты работы программы, а также настройки программы. каталог можно открыть
в `Меню «Файл»`_  «Рабочий каталог...» или задать в `Меню «Настройки»`_ . |br|

*Текущий каталог*
**************************************

**Текущий каталог** - автоматически задаваемый программой каталог для сохранения настроек программы. для каждого проекта
создается отдельный каталог. каталог имеет название «C:\\Users\\...username...\\AppData\\Local\\Gelion\\...projectname...».
каталог можно открыть в `Меню «Файл»`_  «Текущий каталог...». |br|

*Меню «Индексы»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Расчет индекса по формуле
******************************************

.. image:: images/dlg-index.png
   :align: center

Для расчета и добавления нового индексного изображения в окне «Добавить индексное изображение» заполните
поле «Введите наименование индекса», поле «Введите формулу для расчета индекса» и нажмите кнопку «Ок».
Список индексов для быстрого расчета будет дополняться новыми уникальными индексами по мере их расчета. |br|
В поле примечание приведена информация о спектральных характеристиках съемочного прибора и пример ввода формулы для
расчета индекса. |br|
При использовании кнопки «Индексы...» или пункта меню `Быстрый выбор индекса`_ или кнопки на панели инструментов
будет расчитан выбранный индекс. |br|

Быстрый выбор индекса
******************************************

.. image:: images/cm-indexes.png
   :align: center

Если интересующий индекс рассчитывался ранее и был сохранен в списке быстрого выбора то для его расчета
достаточно выбрать этот индекс из  списка. |br|

*Меню «Окна»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

.. image:: images/menu-dw.png
   :align: center

Меню **Окна** содержит следующие пункты: |br|
*Области интереса* - показать\\скрыть `Окно «Области интереса»`_. |br|
*Изображения* - показать\\скрыть `Окно «Изображения»`_. |br|
*Список каналов* - показать\\скрыть `Окно «Список каналов»`_. |br|
*Маски* - показать\\скрыть `Окно «Маски»`_. |br|
*Показать все профили* - показать `Окно «Спектральный профиль»`_ для всех областей интереса. |br|
*Скрыть все профили* - скрыть `Окно «Спектральный профиль»`_ для всех областей интереса. |br|
*Эталоны* - показать\\скрыть `Окно «Эталоны»`_. |br|
*Фиттинг пакеты* - показать\\скрыть `Окно «Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)»`_. |br|

*Меню «Области интереса»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

.. image:: images/menu-roi.png
   :align: center

Меню **«Области интереса»** как и контекстное меню `Главное изображение программы`_ состоит из следующих пунктов: |br|
*Добавить ОИ-[Точка]* . |br|
*Добавить ОИ-[прямоугольник]* . |br|
*Добавить ОИ-[эллипс]* . |br|
*Добавить ОИ-[полилиния]* . |br|
*Добавить ОИ-[полигон]* . |br|
*Удалить выбранную область интереса* - в случае если имеется выделенная область в появившемся диалоговом окне
нажать кнопку «Да». |br|

.. image:: images/del-roi-warning+.png
   :align: center

Подробно о способе ввода областей интереса описано в `Добавление областей интереса`_. |br|

*Меню «Настройки»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

.. image:: images/dlg-settings.png
   :align: center

Окно **«Настройки программы»** содержит следующие элементы:

*при запуске загружать последний проект* - при запуске программы автоматически загружается проект, с которым
пользователь работал в последнем сеансе работы. |br|
*количество последних файлов* - количество проектов, с которыми пользователь работал в последнее время, сохраненных
в списке быстрого доступа. |br|
*поворот изображения при загрузке* - при загрузке изображение будет повернуто на заданный угол. некоторые
съемочные системы сохраняют результаты под углом 90 или 270 градусов. |br|
*масштаб изображения при загрузкет* - при первом открытии проекта изображение будет увеличено на заданный
коэффициент. |br|
*рабочий каталог* - в текстовом поле возможно задать `Рабочий каталог`_ или воспользоваться диалогом выбора -
кнопкой в правой части. |br|
*сохранить файлы в рабочем каталоге* - файлы, не ассоциированные с проектом, будут сохранены в `Рабочий каталог`_. |br|
*сохранять файлы только в рабочем каталоге* - файлы, ассоциированные с проектом, будут сохранены в `Рабочий каталог`_.
ассоциированные с проектом файлы это \*.fitting, \*.mask, \*.index, \*.roi. |br|
*тема отображения* - пользователь может выбрать тему отображения программы из списка: **«Линукс», «Макинтош»,
«Аква», «Темная»**. |br|
*загружать список областей интереса* - при закрытии проекта автоматически сохраняется конфигурация областей
интереса. при запуске программы конфигурация ОИ может быть восстановлена. |br|
*окно профиля, ширина* - при `Добавление областей интереса`_ рядом с ОИ появляется `Окно «Спектральный профиль»`_.
настройка задает ширину этого окна в пикселях. |br|
*окно профиля, высота* - при `Добавление областей интереса`_ рядом с ОИ появляется `Окно «Спектральный профиль»`_.
настройка задает высоту этого окна в пикселях. |br|
*заливка спектральных диапазонов* - изображение цветом различных спектральных диапазонов в `Окно «Спектральный анализ»`_. |br|
*отображать дисперсию профиля (95%)* - изображение дисперсию профиля серым цветом в `Окно «Спектральный анализ»`_. |br|
*гистограмма, минимально точек* - расчет гистограммы с меньшим количеством точек производиться на будет. |br|
*сохранять индексы при закрытии* - сохранение индексных изображений при закрытии программы незначительно замедляет
выполнение программы. возможно отключить эту опцию для ускорения работы программы. |br|
*загружать индексы* - загрузка индексных изображений при запуске программы незначительно замедляет
выполнение программы. возможно отключить эту опцию для ускорения работы программы. |br|
*сохранять фиттинг при закрытии* - сохранение фиттинг-пакетов при закрытии программы незначительно
замедляет выполнение программы. возможно отключить эту опцию для ускорения работы программы. |br|
*загружать фиттинг* - загрузка фиттинг-пакетов при запуске программы незначительно замедляет
выполнение программы. возможно отключить эту опцию для ускорения работы программы. |br|
*загружать список каналов* - во время работы программы в `Окно «Список каналов»`_ возможны различные настройки
отображения списка каналов. при закрытии программы эти настройки сохраняются автоматически. при запуске программы
возможно восстановить эти настройки. |br|
*сохранять маски при закрытии* - сохранение изображений-масок при закрытии программы незначительно замедляет
выполнение программы. возможно отключить эту опцию для ускорения работы программы. |br|
*загружать маски* - загрузка изображений-масок при запуске программы незначительно замедляет
выполнение программы. возможно отключить эту опцию для ускорения работы программы. |br|

Служебные окна программы
================================

*Окно «Спектральный профиль»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Окно **"Спектральный профиль»** предназначено для отображения спектрального профиля области интереса и позволяет
масштабирование и перемещение профиля по вертикальной оси. Для масштабирование используется колесо мыши, для
перемещения необходимо нажать левую клавишу мыши и не отпуская перемещать мышь. В заголовке окна отображается
информация о наименовании области интереса, количестве точек области интереса и дисперсии точек от средневзвешенного
профиля (количество точек и дисперсия отображаются для всех ОИ кроме точки). |br|

.. image:: images/r-dw-prof++.png
   :align: center

Окно имеет контекстное меню: |br|
- **Сохранить изображение профиля...**  Спектральный профиль сохраняется в форматах *PDF, PNG, JPG.* |br|
- **Сохранить профиль в Excel \*.csv файл...** Спектральный профиль сохраняется в формате *Excel CSV.* |br|
- **Сохранить область интереса \*.roi файл...** Спектральный профиль сохраняется в формате *ROI.* ROI является
специальным форматом для хранения информации об областях интереса и используется для сохранения и загрузки областей
интереса в файл. |br|
- **Масштаб по размеру профиля** Масштаб изображения спектрального профиля выбирается таким образом, чтобы отобразить
весь профиль на графике. |br|
- **Вертикальный масштаб профиля 0.7** Масштаб изображения спектрального профиля фиксированный 0.7. |br|
- **Вертикальный масштаб профиля 1** Масштаб изображения спектрального профиля фиксированный 1. |br|
- **Вертикальный масштаб профиля 1.5** Масштаб изображения спектрального профиля фиксированный 1.5. |br|
- **Вертикальный масштаб профиля 2** Масштаб изображения спектрального профиля фиксированный 2. |br|
- **Вертикальный масштаб профиля 3** Масштаб изображения спектрального профиля фиксированный 3. |br|

.. image:: images/r-dw-prof+++.png
   :align: center
   
Окно в верхней части имеет строку меню, позволяющую переключаться в режимы просмотра как спектрального профиля,
полученного прибором, например «Specim IQ», профиль которого отображается всегда в левом пункте меню, так и профили
вкладов различных эталонов, полученных при выполнении рачсетов в `Окно «Эталоны спектральных профилей»`_. |br|

При выборе режима отображения результатов расчета фиттинг пакетов окно имеет контекстное меню: |br|
- **Сохранить изображение профиля...** сохраняет изображение исходного и расчетных профилей в форматах *PDF, PNG, JPG.* |br|
- **Масштаб по размеру профиля** выбирается масштаб отображения по размеру исходного профиля. |br|
- **Масштаб по размеру фиттинга** выбирается масштаб отображения по размеру расчетных профилей. |br|
- **Сохранения фиттинга ОИ в файлы PDF CSV** настраиваемая возможность для пакетного сохранения списком областей интереса в графических и текстовых форматах. |br|

**Важно:**
При перемещении `Область интереса`_ **«Точка»** в окне изменяются графики профилей, масштабируемых на **фиттинг профили**,
если при перемещении будет нажата клавиша **«Shift»** то масштабирование будет проводится по **исходному профилю**. |br|
Переключение во всех окнах в режим «исходный профиль» доступно в контекстном меню `Окно «Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)»`_. |br|

*Окно «Области интереса»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Окно **Области интереса (ОИ)** предназначено для отображения, управления, загрузки и сохранения заданных пользователем
областей интереса в области главного изображения. Области интереса представляют собой следующие геометрические фигуры: |br|
*- точка;* |br|
*- прямоугольник;* |br|
*- эллипс;* |br|
*- полилиния;* |br|
*- полигон;* |br|
**Области интереса** вводятся пользователем в главное изображения и могут быть изменены пользователем способом,
описанным в `Изменение областей интереса`_.
Окно ОИ изображено ниже. Для помощи пользователю  имеется подсказка, которая поясняет, что при нажатой клавише
модификаторе Shift при нажатии на область выделения (нарисована галочка) будет выбрана единственная ОИ, выделение с
остальных ОИ будет снято. При нажатой клавише модификаторе Alt при нажатии на область выделения будет выбрана
указанная ОИ, но при этом окно спектрального профиля появляться не будет. При ненажатой клавише модификаторе Alt при
выборе ОИ автоматически будет появляться окно спектрального профиля. При нажатии на области названия ОИ стиль текста
будет меняться с обычного на жирный по правилу - жирный стиль означает отображение окна спектрального профиля,
обычный стиль - скрытый спектральный профиль. |br|

.. image:: images/dw-roi+.png
   :align: center

При двойном щелчке мышью на области названия ОИ отображается модальное окно «Параметры области интереса »диалога
изменения свойств ОИ. |br|

.. image:: images/roi-dlg.png
   :align: center

Окно имеет контекстное меню: |br|
- **Спектральный анализ**  Отображение окна `Окно «Спектральный анализ»`_. |br|
- **Отобразить все области интереса**  Отобразить все области интереса. |br|
- **Отобразить выделенные области интереса**  Отобразить выделенные галочками области интереса. |br|
- **Скрыть все области интереса**  Скрыть все области интереса. |br|
- **Удалить все области интереса**  Удалить все области интереса. Перед удалением предлагается подтвердить действие, так как несохраненные результаты будут утеряны. |br|
- **Отобразить все профили**  Пункт главного меню *"Окна->Показать все профили".* |br|
- **Скрыть все профили**  Пункт главного меню *"Окна->Скрыть все профили".* |br|
- **Сохранить выделенные области в \*.pdf \*.csv файлы...**  Сохранение выделенных ОИ в графическом и цифровом
формате. Каждая ОИ сохраняется в отдельный файл, имя файла - наименование ОИ. |br|
- **Сохранить все профили в Excel *.csv файл...**  Сохранение всех ОИ в один *Excel *.csv файл.* |br|
- **Загрузить области интереса из \*.roi файла...**  Загрузка нескольких ОИ из \*.roi файла. |br|
- **Сохранить выделенные области интереса в \*.roi файл...**  Сохранение выделенных галочками ОИ в \*.roi
файл. |br|
- **Создание маски из выделенных областей интереса...**  Создание маски из выделенных областей интереса в
`Окно «Создание маски из областей интереса»`_. |br|

.. image:: images/dw-roi++.png
   :align: center

Диалог «Сохранение выделенных ОИ в файлы PDF CSV". |br|

.. image:: images/dlg-save-checked-roi.png
   :align: center

Каждая выделенная ОИ сохраняется в отдельный файл. ОИ будут сохранены в форматы, выбранные в области «Выберите формат
файлов". Так если  выбрано 5 областей интереса и выбранны форматы *«PNG» и «Excel CSV файл»* будут сохранены 10
файлов (5 PNG и 5 CSV). При отмеченной галочке «Сохранить в csv файл все профили области интереса» будут сохранены
спектральные профили для всех точек, входящих в ОИ, в противном случае будет сохранен средневзвешенный спектральный
профиль. |br|

*Окно «Изображения»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Окно **Изображения** предназначено для отображения, управления, загрузки и сохранения RGB-изображения
и изображений спектральных индексов. |br|
Окно представляет собой список изображений спектральных индексов. При нажатии мышью на элемент списка в главном окне
программы отображается либо RGB-изображение либо изображение выбранного спектрального индекса. При выборе
спектрального индекса становится доступен его просмотр в  `Окно «Гистограмма»`_. Если задержать мышь над областью
наименования индекса появляется контекстная подсказка с информацией о формуле индекса. Элементы списка можно отмечать
галочками для выполнения различных операций. В заголовке окна имеется информация о ширине и высоте изображения в
формате «Изображения - [512 х 428]", где 512 - ширина изображения, 428 - высота изображения.

.. image:: images/dw-img+.png
   :align: center

|br|

.. image:: images/dw-img++.png
   :align: center

Окно имеет контекстное меню: |br|
- **Отображать гистограмму**  Отображение окна `Окно «Гистограмма»`_. |br|
- **Выделить все индексные изображения**  Выделить галочками все индексные изображения (кроме RGB). |br|
- **Снять выделение со всех индексных изображений**  Снять выделение со всех индексных изображений (кроме RGB). |br|
- **Сохранить выделенные индексные изображения  в \*.index файл ...**  Сохранить выделенные галочками индексные
изображения в бинарный \*.index файл (кроме RGB). |br|
- **Загрузить индексные изображения из \*.index файла ...**  Загрузить индексные изображения из бинарного \*.index
файла (кроме RGB). Загруженные изображения добавляются в список снизу. |br|
- **Сохранить выделенные индексы в файлы ...**  Сохраняет выделенные индексы в файлы различных форматов. Диалог
«Сохранения выделенных индексов в файлы» показан ниже. |br|
- **Удалить ВСЕ индексные изображения (кроме RGB) ...**  Удаляет все индексные изображения (кроме RGB). Перед
удалением предлагается подтвердить действие, так как несохраненные результаты будут утеряны. |br|
- **Удалить выделенные индексные изображения (кроме RGB) ...**  Удаляет выделенные галочками индексные изображения
(кроме RGB). Перед удалением предлагается подтвердить действие, так как несохраненные результаты будут утеряны. |br|

.. image:: images/dlg-save-checked-img.png
   :align: center

Каждый выделенный индекс (кроме RGB) сохраняется в отдельный файл. Индексные изображения будут сохранены в форматы,
выбранные в области «Выберите формат файлов". Если  выбрано 2 индекса и выбранны форматы *« PNG » и
« Excel CSV файл »* будут сохранены 4 файла (2 PNG и 2 CSV). Файлы будут сохранены в `Рабочий каталог`_. |br|

При двойном щелчке на элементе списка можно редактировать формулу или наименование выбранного индекса в
окне «Изменить индексное изображение». При выборе «добавить в список индексов» измененный индекс будет добавлен в список, в противном случае
будет заменен редактируемый индекс. |br|

.. image:: images/dlg-edit-index.png
   :align: center

*Окно «Список каналов»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Окно **Список каналов** предназначено для отображения, управления, загрузки и сохранения заданных пользователем
списка спектральных каналов. В заголовке окна отображается информация о количестве и ширине спектральных каналов в виде
"Список Каналов - [204:397-1004::3.0]", это означает что набор данных (гиперкуб) имеет 204 спектральных канала,
спектральный диапазон 397нм-1004нм, средняя ширина спектрального канала 3.0нм. В том случае, если ширина
спектрального канала не является постоянной, приводится усредненная ширина для качественной оценки данных,
усредненная ширина расчитывается по формуле (1004-397)/204. |br|
Окно представляет собой список из спектральных каналов с информацией о номере канала и соответствующей этому каналу
длины волны в нанометрах. Элементы списка имеют цветовую индикацию, когда цвет соответствует длине волны, для
невидимого диапазона используется условный знак. Элемент списка может быть отмечен галочкой для выполнения различных
операций со списком каналов. |br|
В нижней части окна расположен ползунок для интерактивной смены спектрального канала. При перемещении ползунка
происходит смена спектрального канала и соответственно изменяется `Главное изображение программы`_.

.. image:: images/dw-channels+.png
   :align: center

Окно имеет контекстное меню: |br|
- **Отображать все каналы**  Отображать все каналы, показать ранее скрытые каналы. |br|
- **Выделить все каналы**  Выделить галочками все спектральные каналы. |br|
- **Снять выделение со всех каналов**  Снять выделение со всех спектральных каналов. |br|
- **Загрузить и отобразить список каналов ...**  Загрузить и отобразить список каналов из текстового \*.splst файла.
В качестве начального каталога для поиска предлагается `Текущий каталог`_. |br|
- **Сохранить список выделенных каналов ...**  Сохранить список выделенных каналов в текстовый \*.splst файла.
В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Текущий каталог`_. |br|
- **Отображать только выделенные каналы**  Отображать в списке только выделенные галочками каналы. |br|
- **Отображать каналы с шагом 2**  Отображать каналы с шагом 2, т.е. 1,3,5,... |br|
- **Отображать каналы с шагом 5**  Отображать каналы с шагом 5, т.е. 1,6,11... |br|
- **Отображать каналы с шагом 10**  Отображать каналы с шагом 10, т.е. 1,11,21... |br|
- **Сохранить выделенные каналы в файлы ...**  Сохраняет выделенные каналы в файлы различных форматов. Диалог
"Сохранение выделенных каналов в файлы »показан ниже. |br|

.. image:: images/dlg-save-checked-channel.png
   :align: center

Каждый выделенный спектральный канал сохраняется в отдельный файл. Изображение спектрального канала будут сохранены в
форматы, выбранные в области «Выберите формат файлов". Если  выбрано 4 канала и выбранны форматы *"PNG »и
"Excel CSV файл"* будут сохранены 8 файов (4 PNG и 4 CSV). Файлы будут сохранены в `Рабочий каталог`_.

*Окно «Маски»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Окно **Маски** предназначено для отображения, управления, загрузки и сохранения заданных МИ. Добавление МИ в список
возможно путем сохранения маски нажав кнопку «Добавить в список Маски» `Окно «Гистограмма»`_ или путем загрузки из файла используя пункт контекстного меню «Загрузить изображения
маски (\*.mask) ...». |br|

Окно представляет собой список в виде уменьшенных изображений (иконок) МИ с информацией о
наименовании МИ. Элемент списка может быть отмечен галочкой для выполнения различных операций с МИ. |br|

МИ может быть добавлено в `Окно «Калькулятор масочных изображений»`_ путем перетаскивания иконки МИ или с
использованием контекстного меню. |br|

При нажатии на иконку МИ главное изображение меняется на изображения выбранного МИ. Если при этом нажата клавиша **Ctrl**
тогда если ГИ является изображением, индексом, спектральным каналом или фиттинг-пакетом то выбранная маска применяется
к главному изображению. Для отмены применения маски необходимо нажать на иконку МИ при нажатой клавише **Alt**.
Окно имеет всплывающую подсказку. |br|

.. image:: images/dw-masks.png
   :align: center

Окно имеет контекстное меню: |br|
- **Калькулятор масочных изображений**  Отображение окна `Окно «Калькулятор масочных изображений»`_. |br|
- **Загрузить 2 выделенные маски в калькулятор**  Выделить галочками 2 МИ и эти изображения будут загружены в `Окно
«Калькулятор масочных изображений»`_ для выполнения дальнейших логических операций. |br|
- **Выделить все маски**  Выделить галочками все МИ. |br|
- **Снять выделение со всех масок**  Снять выделение со всех МИ. |br|
- **Удалить все маски**   Удаляет все МИ из списка. Перед удалением предлагается подтвердить действие, так как
несохраненные результаты будут утеряны. |br|
- **Сохранить выделенные изображения маски (\*.mask) ...**  Сохранить список выделенных МИ в бинарный \*.mask
файл. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Загрузить изображения маски (\*.mask) ...**  Загрузить МИ из бинарного \*.mask
файла. Загруженные изображения добавляются в список. В качестве начального каталога для загрузки предлагается
`Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить выделенные маски в файлы ...**  Сохраняет выделенные МИ в файлы различных форматов. Диалог
"Сохранение выделенных масок в файлы »показан ниже. |br|
- **Создать области интереса из маски ...**  Создание областей интереса из маски
в `Окно «Создание областей интереса из маски»`_. |br|

.. image:: images/dlg-save-checked-mask.png
   :align: center

Каждое выделенное галочкой МИ сохраняется в отдельный файл. МИ будут сохранены в форматы,
выбранные в области «Выберите формат файлов". Если  выбрано 3 маски и выбранны форматы
*«PNG», «Excel CSV файл», «JPG", «PDF»* будут сохранены 12 файлов (3 PNG 3 CSV 3 JPG 3 PDF). Файлы будут сохранены в
`Рабочий каталог`_.

*Окно «Эталоны»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Окно **Эталоны** предназначено для отображения зарегистрированных в проекте эталонных профилей в виде маркированного
списка. Режим отображения окна регулируется пунктом «Эталоны» главного меню «Окна» и соответствующей кнопкой на
панели инструментов. |br|

.. image:: images/dw-gage.png
   :align: center

Окно имеет контекстное меню: |br|
- **Эталоны спектральных профилей»** Отображение `Окно «Эталоны спектральных профилей»`_. |br|
- **Загрузить файл эталонов (\*.csv)...** Загрузка набора эталонов спектральных профилей из файла. |br|
- **Добавить эталоны из файла (\*.csv)...** Добавление набора эталонов спектральных профилей из файла. |br|
- **Сохранить выбранные эталоны в файл (\*.csv)...**  Сохранить маркированных эталонов в файл. |br|
- **Выделить все эталоны**  Маркировать весь список эталонов. |br|
- **Снять выделение со всех эталонов**  Снять маркировку со всех элементов списока эталонов. (В
`Окно «Эталоны спектральных профилей»`_ не будет отображаться ни одного спектрального профиля). |br|

Изменение маркировки элемента списка эталонных профилей изменяет содержание списка в `Окно «Эталоны спектральных профилей»`_
т.к. отображаются графики только маркированных эталонных профилей. |br|

Текстовый файл эталонов \*.csv должен имет следующий формат: |br|

wl;Chl;Car;Flv |br|
750;0,834350052;0,823485629;0,834303625 |br|
748;0,835547974;0,821994209;0,834303623 |br|
746;0,83377621;0,825567947;0,83430362 |br|
744;0,833184413;0,827142669;0,834303617 |br|
742;0,83199606;0,829764693;0,834303613 |br|
740;0,831405457;0,827865918;0,834303609 |br|
... |br|

где wl;Chl;Car;Flv - длина волны и далее произвольный список названий эталонов через **«;»** |br|
далее произвольное количество строк с числами в порядке - длина волны в нанометрах, далее по количеству эталонов
коэффициент отражения через **«;»**. |br|

*Окно «Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Окно **Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)** предназначено для отображения и управления фиттинг пакетами, полученными
в результате расчета. Расчет фиттинг пакетов производится путем ввода параметров и выполнением расчета в
`Окно «Эталоны спектральных профилей»`_. |br|

.. image:: images/dw-fitting.png
   :align: center

**Фиттинг пакет** - набор из нескольких двумерных цифровых массивов, совпадающих по размерности с ГИ проекта. Каждый
из двумерных цифровых массивов представляет из себя цифровое индексное изображения  коэффициента приближения к
исходному спектру в каждой точке изображения. Расчет приближения в каждой точке изображения является результатом
решения системы уравнений для каждой длины волны (в пределах, в которых определены как эталонные спектры, так и спектральные
профили основного изображения)

.. math:: P_f = a_1 * P_1 + a_2 * P_2  +  ...  +  a_n * P_n

таким образом, чтобы среднеквадратическое отклонение приближения и исходного профиля

.. math:: P_s = P_f - P_r

было минимальным.
Пространственное распределение (индексное изображение) коэффициентов

.. math:: a_1, a_2, ... , a_n

и является содержимым каждого фиттинг-пакета (ФП). Помимо этого каждый ФП содержит значение отклонения расчета
от исходного профиля, а в случае трех эталонных спектров еще и **RGB** изображение, составленное из индексов

.. math:: a_1, a_2, a_3

Название пакета содержит информацию о спектральном диапазоне и наборе эталонных спектральных профилей, участвующих
в расчете. Каждое индексное изображение имеет информацию, содержащуюся в названии пакета и дополнено названием
соответствующего эталона спектрального профиля. **RGB** изображение имеет в названии *[RGB]*, индекс значения отклонения
расчета от исходного профиля имеет в названии *[RMSE]*. |br|

Окно имеет контекстное меню: |br|
- **Эталоны спектральных профилей»** отображение `Окно «Эталоны спектральных профилей»`_. |br|
- **Отображать гистограмму»** отображение `Окно «Гистограмма»`_. |br|
- **Показать исходные профили»** отображение во всех  `Окно «Спектральный профиль»`_ исходных профилей. В верхней части
окна расположены вкладки с различной информацией об ОИ. Выбирается левая вкладка с названием съемочной системы,
например если проект получен с использованием «Specim IQ», то вкладка будет иметь это же название. |br|
- **Показать только список пакетов»** фиттинг-пакет (ФП) представляет из себя набор из нескольких изображений,
и имеет уникальное наименование, несколько ФП расположены в окне в виде выпадающих списков. При выборе данного пункта
контекстного меню список ФП представляет собой только наименование ФП без отображения их содержимого. |br|
- **Сохранить выделенные пакеты в \*.fitting файл ...»** выделенные пакеты будут сохранены в \*.fitting файл. В качестве
начального каталога для сохранения предлагается в `Рабочий каталог`_. |br|
- **Удалить выделенные пакеты ...»** удаление выделенных пакетов. Перед удалением нужно подтвердить действие. |br|
- **Добавить пакеты из \*.fitting файла ...»** добавление ФП из выбранного  \*.fitting файла. |br|
- **Сохранить выделенные изображения в файлы ...»** выделенные изображения юудут сохранены в различные файлы. Формат
и список файлов можно выбрать в появившемся диалоговом окне. В качестве каталога для сохранения предлагается
`Рабочий каталог`_. |br|
- **Удалить ВСЕ пакеты** удаление всех пакетов. Перед удалением нужно подтвердить действие. |br|

*Окно «Спектральный анализ»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
**Окно «Спектральный анализ"** предназначено для отображения всех спектральных профилей, отмеченных галочками в  списке
`Окно «Области интереса»`_.  |br|
В верхней части окна расположено поле отображения спектральных профилей (ПОСП). Легенда со списком отображенных
профилей находится в левой верхней части ПОСП. При нажатии на области наименования профиля в списке легенды
выделяется соответствующий провил в ПОСП. |br|
Интервалы длин волн видимой части спектра выделены соответствующими длине волны цветами (если включен
соответствующий режим отображения). |br|
При изменении выделения областей интереса (ОИ) в `Окно «Области интереса»`_ или при
изменении координат или формы ОИ на `Главное изображение программы`_ ПОСП обновляется. |br|
ПОСП масштабируется и перемещается с сиспользованием колеса мыши или перетаскиванием левой клавишей мыши. При
остановке курсора мыши вблизи точки спектрального профиля появляется контекстная подсказка с информацией о
наименовании профиля, длине волны и значении величины сигнала. При нажатии мышью на точке профиля в списке
профилей выделяется наименование выбранного профиля, выбранный профиль отображается утолщенной линией и другим цветом,
появляется перекрестие и в полях редактирования появляются надписи, соответствующие нажатой точке профиля, |br|
- в левом поле с информацией о длине волны и величине сигнала; |br|
- в правом поле с информацией о длине волны, адаптированной для составления формулы расчета спектрального индекса; |br|
**В режиме отображения перекрестия** возможно перемещение по точкам профиля используя клавиши
клавиатуры **влево и вправо**. |br|

ПОСП имеет контекстное меню: |br|
- **Сохранить изображение спектральных профилей...**  Сохранить изображение спектральных профилей в графические
форматы PDF, PNG, JPG. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить спектральные профили в Excel \*.csv файл ...**  Сохранить данные спектральных профилей в в Excel
CSV формат. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить области интереса в \*.roi файл ...**  Сохранить области интереса в \*.roi файл. В качестве начального
каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|

.. image:: images/dw-spectral-analisys.png
   :align: center

В нижней части окна **Спектральный анализ** в левой части расположены два переключателя режима отображения |br|
- Заливка спектральных диапазонов для включения выделения цветом видимых диапазонов спектра; |br|
- Дисперсия (95% Cl) для отображения коридора возможных значений профилей отличных от точки областей интереса; |br|

В нижней правой части окна **Спектральный анализ** расположена кнопка «Полный масштаб» для масштабирования ПОСП по
границам области и поле ввода прототипа формулы расчета спектрального индекса с подсказкой в виде примера.
Для составления нужного индекса необходимо левой клавишей мыши выбрать в ПОСП несколько точек спектральных
профилей, затем окончательно ввести в поле формулы недостающие символы операции (например « + », « - », « / », « \* »),
скопировать полученную формулу и ввести ее в поле для расчета `Расчет индекса по формуле`_. |br|

Также возможно ввести формулу и наименование индекса в полях ввода в данном окне (воспользуйтесь всплывающей подсказкой
над полем ввода) и нажать кнопку **«Рассчитать индекс»** для расчета. Вновь рассчитанный индекс будет дорбавлен
в список `Окно «Изображения»`_ и `Главное изображение программы`_ будет изменено на изображение рассчитанного
индекса в псевдоцвете. |br|

*Окно «Гистограмма»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
**Окно «Гистограмма»** (Окно) предназначено для отображения гистограммы спектрального индекса для области всего
изображения или для произвольного количества выделенных областей интереса, отмеченных галочками в списке `Окно
«Изображения»`_. |br|
В заголовке окна отображается наименование **«Гистограмма - [Difference 833/658 \ r833-r658][0.004:317]»**, что означает
**«Difference 833/658»** - наименование индекса, **«r833-r658»** - формула индекса, **«0.004:317»** - величина классового
интервала (КИ) и количество КИ. |br|
В левой верхней части Окна расположено поле отображения гистограммы (ПОГ) с заголовком, повторяющим заголовок Окна, и
вертикальными линиями отсечения порогового значения индекса, используемыми для построения
изображения индекса в окнах в центральной (Окно 1 - цветовая карта) и правой (Окно 2) части Окна. |br|
При приближении курсора к красной вертикальной линии отсечения (имеется две линии слева и справа) курсор изменяет
форму и при нажатии и перетаскивании мышью возможно перемещать границу отсечения. При это в верхней части изменяется
информация о пороговых значениях в виде [-0.107-0.166](24%), что означает «-0.107-0.166» - нижнее и верхнее пороговое
значения интервала отсечения, «24%» - относительное количество точек гистограммы (ОКТГ), попадающих в пороговый
интервал. |br|
В левой нижней части расположена группа элементов управления отображением «Наименование \ Формула», которые включают
в себя: |br|
- поле для ввода наименования маски (используется для сохранения маски); |br|
- флажок «Отображать гистограмму только для выделенных областей интереса», переключает режимы расчета гистограммы; |br|
- флажок «Отображать маску(инв.маску) цветным изображенем», переключает режимы отображения масочного изображения (МИ)
(или инвертированного МИ) либо цветным, либо черно-белым изобржением; |br|
- кнопка «Интервал...» для изменения величины и количества КИ. для выбора более узкого интервала нажимайте кнопку
«Применить», для окончания ввода нажмите кнопку «Ок»; |br|
- регулятор «Яркость» для изменения яркости Окна 2; |br|
- регулятор «Цвет минимального индекса» для изменения цветовой шкалы Окна 2; |br|
- регулятор «Цвет максимального индекса» для изменения цветовой шкалы Окна 2; |br|
- кнопка «Восстановить умолчания» для установки пороговых значений в минимальное и максимальное значение индекса
соответственно (ОКТГ = 100%); |br|
- кнопка «Добавить в список Маски»- для сохранения полученного масочного изображения (МИ) и инвертированного МИ
(активна в режимах Окна 2 «Маска» и «Инв.маска»); |br|
- информационная строка о кнопках быстрого доступа и режиме Окна 2 (клавиши **«Z», «X», «C», «V», «A», «S»**); |br|

.. image:: images/dw-histogram+.png
   :align: center

ПОГ имеет контекстное меню: |br|
- **Сохранить изображение гистограммы...**  Сохранить изображение гистограммы в графические
форматы **PNG, JPG, BMP**. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить гистограмму в Excel \*.csv файл ...** Сохранить гистограмму в **Excel \*.csv** файл.
В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить изображение цветовой карты...** Сохранить изображение цветовой карты (Окно 1) в графические
форматы **PNG, JPG, BMP**. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить изображение индекса...** Сохранить изображение индекса (Окно 2) в графические
форматы **PDF, PNG, JPG, BMP**. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить изображение маски ...** Сохранить изображение маски (Окно 2) в графические
форматы **PNG, JPG, BMP**. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить изображение инвертированной маски ...**  Сохранить изображение инвертированной маски (Окно 2) в графические
форматы **PNG, JPG, BMP**. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить RGB изображение ...** Сохранить RGB изображение (Окно 2) в графические
форматы **PNG, JPG, BMP**. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить индекс в Excel \*.csv файл ...** Сохранить индексное изображение в **Excel \*.csv** файл. В качестве
начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить маску в Excel \*.csv файл ...** Сохранить масочное изображение в **Excel \*.csv** файл.
В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить инвертированную маску в Excel \*.csv файл ...** Сохранить инвертированное масочное изображение в **Excel \*
.csv** файл.
В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|

.. image:: images/cm-main-histogram.png
   :align: center

Окно 1 имеет контектстную подсказку с информацией об управлении с использованием цветовой шкалы. При перетаскивании
мышью цветовой шкалы вверх и вниз изменяется расположение порогового интервала в ПОГ и изменяются пороговые значения
отсечения цветовой шкалы. При использовании колеса мыши в области цветовой шкалы уменьшается или увеличивается пороговый
интервал. При использовании клавиш модификаторов «Alt »и «Shift» при использовании колесом мыши над областью цветовой
шкалы или при перетаскивании мышью изменяется либо верхняя, либо нижняя величина порогового интервала. |br|

.. image:: images/tt-color-schemes.png
   :align: center

Окно 1 имеет контекстное меню для выбора цветовой шкалы отображения индекного изображения. |br|

.. image:: images/cm-color-schemes.png
   :align: center

Окно 2 имеет предназначено для отображения масочных (инвертированной маски) изображения, а также для отображения
индекса в настраиваемой цветовой шкале и отображения RGB-изображения. Переключение между режимами отображения Окна 2
производится нажатием клавиш **«Z», «X», «C», «V»**. Также возможен поворот изображений Окна 1 и Окна 2,
клавиши **«A» и «S»**. |br|
Масштабирование обоих окон производится путем использования колеса мыши над областью окна и перетаскиванием
изображения мышью. При масштабировании и перетаскивании изображения в Окно 1 и Окно 2 синхронизируются.

*Окно «Калькулятор масочных изображений»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
**Окно «Калькулятор масочных изображений»** (Окно) предназначено для отображения масочных изображений, ввода масочных
изображений в поля для проведения арифметических операций и сохранение полученного результата. Исходные масочные
изображения помещаются в Окно путем перетаскивания из `Окно «Маски»`_. |br|
В левой части Окна в поле «Изображения »имеется контекстная подсказка, поле используется для отображения как
результата арифметической операции с масками, так и для отображения RGB-изображения. Режимы переключаются клавишами
**В«XВ» Рё В«CВ»**. |br|
В нижней левой части окна расположены поля ввода «Наименование »для ввода имени результата вычислений и поле
"Формула »для отображения формулы вновь полученного (результат вычислений) масочного изображения. После выполнения
расчета и ввода наименования для сохранения полученного результата в списке масок в `Окно «Маски»`_ используется
кнопка «Сохранить". Для освобождения полей в правой части экрана используется кнопка «Очистить". |br|
Для закрытия Окна используется кнопка «Закрыть» |br|

.. image:: images/dlg-mask-calculator.png
   :align: center

Поле «Изображения» имеет контекстное меню: |br|
- **Сохранить изображение маски ...**  Сохранить изображение маски (результата арифметической операции) в графические
форматы PNG, JPG, BMP. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить маску в Excel CSV файл ...** Сохранить изображение маски (результата арифметической операции) в
Excel CSV файл.
В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|

.. image:: images/tt-mask-calc.png
   :align: center

*Окно «Эталоны спектральных профилей»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
**Окно «Эталоны спектральных профилей»** предназначено для отображения эталонов спектральных профилей,
предварительного просмотра уменьшенной копии ГИ и результатов упрощенного расчета фиттинг-пакета. |br|
Для управления списком отображаемых эталонов используйте маркировку списка эталонов в `Окно «Эталоны»`_. |br|
Расчет фиттинг пакета производится на основе выбранного списка эталоных профилей и выбранного пользователем
спектрального диапазона. Список эталонных профилей выбирается в `Окно «Эталоны»`_. Для выбора спектрального диапазона
перетаскивайте мышью вертикальные линии в поле «Эталонные спектры». |br|

.. image:: images/dw-fitting-calculation.png
   :align: center

Для быстрого выбора левого (меньшего) значения спектрального диапазона используйте <Ctrl-ЛКМ>, аналогично для выбора
правого (большего) значения <Alt-ЛКМ>. |br|

При нажатии ЛКМ в области легенд в верхней левой части поля «Эталонные спектры» возможно выбрать конкретный эталон,
который будет изображен на графике другим цветом и толщиной, отличающей его от других эталонов. |br|

Также имеется возможность выбора из ранее используемых диапазонов в списке выбора в нижней средней части окна.
В случае если поле «Предварительный расчет» стоит отметка при изменении спектрального диапазона будет выполнен
предварительный расчет по сокращенной схеме. Степень ускорения предварительного расчета выбирается в списке выбора
в нижней части окна, значение 2 соответствует самому медленному варианту, значение 10 - самому быстрому.
После выполнения предварительного расчета в области верхнего правого угла окна появляется окно со списком
полученных расчетных гистограмм, которые позволяют оценить качество произведенного расчета при выборе конкретных
эталонов и спектрального диапазона. При нажатии в области гистограммы выбирается соответствующее изображение
из фиттинг-пакета. Окно «Предварительный просмотр» имеет возможность масштабирования и перемещения при использовании
ЛКМ и КМ. После выполнения предварительного расчета окно «Предварительный просмотр» имеет контекстное меню
с возможностью выбора изображения из фиттинг-пакета. |br|

.. image:: images/dw-fitting-calculation+.png
   :align: center

После проведения необходимых предварительных расчетов выполняется основной расчет нажатием кнопки
«Рассчитать приближение». После этого будет выполнен основной расчет, в `Окно «Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)»`_
добавится полученный фиттинг-пакет, главное изображение перейдет в режим RGB. Выбор в
`Окно «Расчетные пакеты (фиттинг пакеты)»`_ производится путем нажатия на нужный элемент из появившегося списка. |br|

Поле «Эталонные спектры» имеет контекстное меню: |br|
- **Сохранить изображение эталоных спектров ...**  Сохранить изображение эталоных спектров в графические
форматы **PNG, JPG, PDF**. В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|
- **Сохранить эталоные спектры в CSV файл ...**  Сохранить эталоные спектры в **Excel \*.csv** файл.
В качестве начального каталога для сохранения предлагается `Рабочий каталог`_. |br|

*Окно «Создание маски из областей интереса»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
**Окно «Создание маски из областей интереса»** (окно) предназначено для создания маски или инвертированной
маски из выбранного пользователем набора областей интереса. Выбор из областей интереса производится в
`Окно «Области интереса»`_ маркировкой элементов списка обалстей интереса. |br|
В текстовом поле в нижней части окна вводится наименование маски, которая будет создана. Изображение в
центральной части окна может быть перемещено путем перетаскивания ЛКМ, масштабирование производится КМ.
Масштабирование по размеру изображения производится кнопкой **«Масштаб»**. |br|
Кнопкой **«RGB»** выбирается режим цветного отображения областей итереса,  кнопкой **«Маска»** и кнопкой
**«Инв.маска»** - черно белый режим отображения областей итереса. |br|
Кнопкой **«Создать маску»** добавляется новое масочное изображение в `Окно «Маски»`_ . |br|

.. image:: images/roi-to-mask.png
   :align: center

*Окно «Создание областей интереса из маски»*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
**Окно «Создание областей интереса из маски»** (окно) предназначено для создания областей интереса в области
`Главное изображение программы`_ из масочного изображения. |br|

Изображение в центральной части окна может быть перемещено путем перетаскивания ЛКМ, масштабирование производится КМ.
Масштабирование по размеру изображения производится кнопкой **«Масштаб»**. |br|
Кнопкой **«RGB»** выбирается режим цветного отображения проекта вновь образуемых областей итереса.
(показываются все распознанные области на масочном изображении). |br|
Кнопкой **«Маска»** выбирается режим чернобелого отображения проекта вновь образуемых областей итереса.
(показываются все распознанные области на масочном изображении). |br|
Кнопкой **«Области интереса»** выбирается режим цветного отображения проекта вновь образуемых областей итереса.
(показываются количество областей на масочном изображении не более чем указано в поле «Макс.количество»). |br|
Кнопкой **«создать области интереса»** создается выбранное количество областей интереса в области
`Главное изображение программы`_ . |br|
Ползунок в нижней части окна используется для уменьшения\увеличения выбранных областей интереса по правилу
оставлять ОИ с наибольшей площадью. |br|

.. image:: images/mask-to-roi.png
   :align: center